移民設計院由始建于2001年的山東省水利勘測設計院移民環評室發展而來，主要從事水利工程征地移民規劃設計、社會穩定風險分析、土地復墾與后評價等業務，下設移民規劃室、移民設計室、移民評估室三個內設機構。
移民規劃室主要負責項目建議書、可行性研究報告和初步設計報告階段的移民安置規劃設計，負責維護、優化升級移民安置規劃設計信息化平臺等工作；移民設計室主要負責技施階段移民安置規劃設計和綜合設代服務，負責實施管理單位的移民咨詢服務，負責臨時用地復墾、防護工程規劃設計等工作；移民評估室主要負責大中型水庫移民后期扶持規劃設計和后評價（移民監督評估），負責社會穩定風險評估分析報告編制等工作。
移民設計院注重質量守正、技術創新，深耕水利水電工程移民規劃設計業務。自2001年以來，先后完成了南水北調東線一期山東段工程、膠東調水、東調南下、黃水東調等調水工程，莊里、南寨、泊于、金水河、雙堠、東湖、雙王城、大屯、張官屯、辛集洼、博興等水庫工程，小清河防洪綜合治理、沭河上游堤防治理等河道治理工程為代表的一系列具有國內重要影響力的大中型水利工程移民安置規劃設計，打造了一批高質量的設計精品。同時，在大中型水庫移民后期扶持規劃、監測評估、社會穩定風險評估、土地復墾等業務領域取得顯著成績，項目遍布省內和西藏、貴州、安徽等多個省區。
移民設計院在工程實踐中造就了一支素質優良、結構合理的人才隊伍，現有員工17人，其中碩士研究生以上學歷11人，高級工程師以上職稱7人，河海大學基地碩士研究生導師4人，各類注冊工程師6人次。
移民設計院在跨流域調水、新建水庫、河道治理等水利工程征地移民規劃設計方面具有行業領先的技術優勢，先后榮獲全國優秀水利水電工程勘測設計獎1項，山東省優秀工程勘察設計獎4項，山東省工程咨詢獎1項、山東省水利科學技術進步獎3項，山東省水利工程勘測設計獎2項，山東省水利軟科學優秀成果獎25項，齊魯水利科學技術獎1項，專著2部，主編、參編著作5部，發表技術論文20余篇；自主建成智慧移民數字化管理系統平臺，實現征地移民信息規范化、規劃設計功能模塊化高質量發展，將水庫移民工作融入數字孿生工程建設；在水利水電工程移民設計領域具有卓越的技術能力和設計水平。
新時期，移民設計院將深入學習貫徹黨的二十大精神，以“用情移民 用心設計”黨建品牌建設為引領，以創新為動力、以需求為導向，著力打造國內一流的智能化、數字化、模塊化、精細化的移民專業品牌，為中國式現代化的山東實踐貢獻移民設計力量。
